Conforme consta em Memórias Paroquiais de Frechas, de 1758, a Igreja Matriz continha nessa data cinco altares: Altar Mor, o de Nossa Senhora da Rosário, o do Senhor Crucificado, o de Santa Luzia e o das Almas, substituídos o de Nossa Senhora do Rosário pela actual de Nossa Senhora da Fátima, o de Santa Luzia substituído pelo do Sagrado Coração de Jesus. Em 16 de Outubro de 1775, era Igreja Vigairaria colada da apresentação do Reverendo Reitor de Rio Torto, sendo seu vigário Manuel António Silveira, sendo seu Comendador o Conde de S. Vicente. Em 15 de Outubro de 1801, de Lisboa, foi-lhe feita mercê por D. João (VI) através de Provisão pelo Provedor da Comarca de Torre de Moncorvo da quantia de 300$000 réis, para sua reconstrução, solicitado pelo Clero, Nobreza e Povo de Frechas, ao que o monarca acedeu de boa vontade, uma vez que a Capela Mor já estava pronta e não havia qualquer verba para terminar a obra. Em 1948, foi alvo de uma profunda reparação, por se encontrar em estado lastimoso, em estado de enorme degradação. O seu aspecto exterior é singelo, original e harmonioso. Está pintada de branco e as portas de verde azeitona. A porta principal é encaixilhada em granito, ornamentada com uma concha e na parte inferior flor de acanto. É encimada com um nicho cercado da mesma rocha, com a imagem de S. Miguel, Padroeiro, ladeado por duas rosáceas, emolduradas com motivos vegetais. Na parte superior tem uma concha em cima e outra em baixo, temática das vieiras que nos fazem lembrar que em Frechas passava o Caminho de Santiago, seguido pelos romeiros em peregrinação, quando se dirigiam ao local santo de Santiago de Compostela na Galiza. Esta é sobreposta por um relógio com música. O frontispício termina com uma guarnição em cantaria, rematada com uma cruz ao centro e um pináculo no lado direito. No lado esquerdo ergue-se altaneira a torre sineira, em forma de pirâmide quadrangular com um sino de cada lado, ornada com diversas barras de granito, nos vértices e arestas e sustenta o telhado da torre em forma de pirâmide quadrangular, decorado com telhas em vários tons, verde, tijolo, bege escuro. As fachadas laterais têm uma porta e duas janelas cada. Ao lado tem a sacrista e casa paroquial. No lado direito da frontaria há uma placa relativa à "Celebração Jubilar 1545-1995". Tem Capela-Mor com Altar, que insere ao centro a Cruz de Cristo, ao seu lado direito contem S. Miguel Arcanjo, Padroeiro da Freguesia, do esquerdo Santo António. É constituída por duas naves, tem no lado direito os altares do Senhor dos Passos e Altar das Almas, à esquerda o de Nossa Senhora de Fátima e Sagrado Coração de Jesus. Tem um pequeno púlpito, onde outrora em dias festivos se fazia a pregação. É forrada a madeira e o coro é feito da mesma substância. Tem dois confessionários em madeira de arquitectura interessante. Os altares do Sagrado Coração de Jesus e das Almas são em Estilo Barroco, em Talha Dourada, o de Nosso Senhor dos Passos e de Nossa Senhora são de arquitectura mais simples. O das Almas tem arcos sobrepostos, que assentam em colunas também sobrepostas, sendo as segundas salomónicas, ornadas com anjos, arcanjos e motivos vegetais. O altar é em mármore, em tons de bege. O altar do Sagrado Coração de Jesus é também em talha dourada, mais simples, com uma coluna de cada lado em mármore de cor azulada, a frente do altar é ornamentada com motivos vegetais sobre uma superfície azul claro. O do Senhor dos Passos em mármore é singelo, sóbrio, requintado, semelhante ao que pertencia antigamente a Nossa Senhora do Rosário na actualidade pertença de Nossa Senhora de Fátima. É também harmonioso, sóbrio, requintado, ambos em mármore de tom bege, com colunas do mesmo tipo de pedra, em azul acinzentado. A frente do altar é decorado com motivos florais sobre um fundo azul. A auréola de Nossa Senhora é electrificada com onze lâmpadas. O Orago e Padroeiro da Freguesia de Frechas é o Arcanjo S. Miguel, colocado em lugar de honra no Altar-Mor ao lado direito do Santíssimo Sacramento.

Sua Conservação e Embelezamento

A Igreja Matriz foi alvo de um Projecto de Restauro do Património Cultural e Religioso, comparticipado pelo programa LEADER e autarquia municipal autora desta iniciativa.  Foi feita uma intervenção de fundo no altar-mor, que incluiu restauro de talha e douramento, tomando-o mais valioso e de maior beleza. O altar do Senhor dos Passos encontra-se no presente em fase de restauro. Foi adquirida uma mesa de celebração eucarística em talha dourada. Houve a aquisição de uma bancada em madeira, tomando a Igreija Matriz mais cómoda, acolhedora e agradável. A janela da capela-mor foi ornamentada com um vitral em tons de azul, vermelho escuro, amarelo e lilás, simbolizando a imagem de Cristo Glorioso, obra que resultou num conjunto artístico harmonioso, de profundo simbolismo religioso. Foi valorizada com um paravento na entrada lateral, tomando-a mais confortável.  Vitral e paravento foram oferecidos pela vereadora municipal, Cândida Carvalho, que tem dedicou parte da sua vida ao serviço da Igreja. Sofreu novas obras de restauro interior em 2022.